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北京市计算中心高性能计算机群的软硬件情况
1. 核心计算服务器介绍
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服务器类型 |
处理器 |
内存 |
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刀片服务器 |
双路八核（ 2 颗 Intel Xeon E5-2660 v2 2.2Ghz ） |
48GB |
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机架服务器 |
双路六核（ 2 颗 Intel Xeon x5690 3.47Ghz ） |
48/96GB |
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机架服务器 |
双路八（ 2 颗 Intel Xeon E5-2690 v2 2.90GHz ） |
256GB |
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刀片服务器 |
双路十二核（ 2 颗 Intel Xeon E5-2680 v3 2.50GHz ） |
64GB |
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胖节点 |
八路十核（ 8 颗 Intel E7 8850 2.0GHz ） |
1024GB/ 2048GB |
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胖节点 |
四路十核（ 4 颗 Intel E7-4870 2.4Ghz ） |
256GB |
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胖节点 |
八路十二核（ 8 颗 Intel Xeon E7-8850 v2 2.30GHz ） |
2048GB |
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胖节点 |
八路十二核（ 8 颗 Intel Xeon E7-8850 v2 2.30GHz ） |
1024GB |
低于上述配置的计算服务器已经下架，基于 2010 年发布的 Intel Xeon 5600 系列 CPU 的计算服务器也已经下架，仅保留最高主频的 Intel Xeon 5690 计算服务器。
2. 存储并发读写能力
高性能计算环境下，并行应用通常数据量极大，普通的存储系统极可能成为系统瓶颈，计算任务的效率会急剧降低，具有高带宽读写能力的文件系统是一个平衡的高性能计算系统中非常关键的因素。
目前北京市计算中心采用 EMC 和 HDS 的磁盘阵列作为后端存储，构建了三套国际上公认并行处理能力强的 Lustre 文件系统以及一种新模式的机群文件系统。通过分区的方式将用户的读写进行分类和分流，在大量用户的情况下也能保证用户的 I/O 读写能力。
3. 常用 CAE 软件
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软件名称 |
并行规模 |
功能 |
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ABAQUS |
128 核 |
多用于分析固体力学和结构力学系统，可模拟庞大的复杂模型，处理线性与非线性问题 |
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LS-DYNA |
256 核 |
多用于求解各种二维、三维非线性结构的高速碰撞、爆炸和金属成型等非线性动力冲击问题 |
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FLUENT |
512 核 |
多用于流体动力学分析 |
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ANSYS Mechanical |
512 核 |
多用于求解结构线性静态、结构动力学、热分析等问题 |
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ANSYS Multiphysics |
512 核 |
ANSYS 独有的多场耦合技术，能够使用自动序列耦合的方式将多个单物理场模型耦合到统一的仿真分析中，从而求解多物理场问题 |
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ANSYS CFX |
512 核 |
多用于流体动力学分析 |
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HyperWorks |
71HWUs |
具有前后处理、有限元求解器、优化设计等功能 |
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HFSS |
32 核 |
建立在电磁计算基础上，基于物理原型的解决方案能够快速精确地仿真和验证设计方案 |
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Maxwell |
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MpCCI |
64 核 |
不同厂商产品之间的 先进的多物理场耦合工具，如 abaqus 和 fluent 之间的耦合 |
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FieldView |
通用流体力学后处理系统，功能强大，操作界面友善，与 CFD 软件具有良好的结合性 |
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NX Nastran |
多用于动力学分析、正则模态分析、瞬态响应分析、随机振动分析和声学分析等问题 |
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TRNSYS |
瞬时系统模拟程序 |
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Fatigue |
高级疲劳分析软件，支持支持多种有限元软件的求解结果 |
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AutoCAD |
用于二维绘图、详细绘制、设计文档和基本三维设计的软件 |
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UG |
具有高性能的机械设计和制图功能，以满足设计复杂产品的需要 |
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Pro/E |
具有强大的三维实体造型能力，可绘制复杂形状的零件，同时兼有简单的辅助工程和辅助制造的功能 |
4. 编译环境及常用科学计算软件
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软件名称 |
安装目录 |
版本 |
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|
MPI |
Openmpi |
/usr/mpi/gcc/openmpi-2.0.1 |
2.0.1 |
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Openmpi |
/share/software/lib/mpi_intel/openmpi-2.0.1 |
2.0.1 |
|
|
Openmpi |
/usr/mpi/gcc/openmpi-2.0.1 |
2.0.1 |
|
|
Mvapich2 |
/usr/mpi/gcc/mvapich-2.2.0 |
2.2.0 |
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|
Intel mpi |
/share/software/intel-12.1/impi |
4.0.3 |
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|
编译器 |
Gcc |
/usr/bin/gcc |
6.2 |
|
Intel 编译器 |
/share/software/intel-12.1 |
12.1 |
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|
Cuda |
/share/software/cuda |
7.0.1 |
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数学库 |
MKL 数学库 |
/share/software/intel-12.1/mkl |
10.3.7 |
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Blas |
/share/software/lib |
netlib |
|
|
Blas |
/share/software/lib |
gotoblas2-1.13 |
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Lapack |
/share/software/lib |
3.4.0 |
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Blacs |
/share/software/lib |
mpiblacs |
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Scalapack |
/share/software/lib |
1.8.0 |
|
|
Fftw |
/share/software/lib/fftw-3.3_gcc |
3.3 |
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Fftw |
/share/software/lib/fftw-3.3_gcc_float |
3.3 float |
开源软件还包括：
Abinit 、 Amber 、 ATLAS 、 AUTODOCK 、 AZTEC 、 Blast 、 CPMD 、 Dl_poly 、 DOCK 、 Espresso 、 FFTW 、 GAMESS 、 GMT 、 GotoBlas 、 GrADS 、 GROMACS 、 Lammps 、 MM5 、 NAMD 、 Nwchem 、 OpenMX 、 Polyrate 、 Siesta 、 TINKER 、 VMD 、 WRF 等等。